ยุทธศาสตร์การวิจัยและนวัตกรรม 20 ปี (พ.ศ. 2560 – 2579) ได้กำหนดวิสัยทัศน์ว่า “ประเทศไทยใช้การวิจัยและนวัตกรรมเป็นกำลังอำนาจแห่งชาติ เพื่อก้าวไปสู่ประเทศที่พัฒนาแล้วภายใน 20 ปี ด้วยความมั่นคง มั่งคั่ง ยั่งยืน” โดยประกอบด้วย 4 ยุทธศาสตร์ดังนี้
ปัจจุบันงานวิจัยส่วนใหญ่ทำโดยหน่วยงานภาครัฐ ส่วนหนึ่งก็คือ มหาวิทยาลัย ส่วนหนึ่งคือสถาบันวิจัย กรม กอง ในกระทรวงต่าง ๆ และส่วนหนึ่ง คือ สถาบันวิจัยและพัฒนาเฉพาะทางที่เพิ่งจัดตั้งขึ้นในระยะหลัง ๆ สำหรับหน่วยวิจัยที่เป็นมหาวิทยาลัยหรือสถาบันอุดมศึกษานั้น ตามหลักการเดิมมีภารกิจหลักอยู่ที่การผลิตบัณฑิต ต่อมามีวิวัฒนาการให้มหาวิทยาลัยเป็นแหล่งสร้างความรู้และเผยแพร่ความรู้เพื่อให้เกิดประโยชน์ บุคลากรในสายอาจารย์ที่มีความรู้และมีศักยภาพจึงเป็นปัจจัยสำคัญที่นำไปสู่การวิจัยของมหาวิทยาลัย และยังได้ใช้กระบวนการวิจัยเป็นกลยุทธ์ในการพัฒนาบัณฑิตในระดับปริญญาโทและเอก รวมถึงการสร้างนักวิจัยด้วย หน่วยวิจัยในลักษณะของมหาวิทยาลัยนั้นยังมีพัฒนาการที่มุ่งเน้นการวิจัยแบบแยกส่วนมีการจัดตั้งเป็นสถาบันวิจัยเฉพาะด้านหรือศูนย์วิจัยเฉพาะด้านขึ้น
สถาบันวิจัยเฉพาะด้านเกิดขึ้นตามแนวโน้มความต้องการของประเทศบ้าง เกิดขึ้นจากการดูตัวอย่างในต่างประเทศบ้าง ผนวกกับการประเมินศักยภาพของบุคลากรในมหาวิทยาลัย สถาบันวิจัยเหล่านี้ มีตำแหน่งนักวิจัยเต็มเวลาด้วยนอกเหนือจากการดึงเอาอาจารย์ในคณะต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องเข้ามาร่วมงานกับสถาบันปัญหาหรืออุปสรรคของหน่วยงานวิจัยที่เป็นมหาวิทยาลัยก็คืออาจารย์ ซึ่งเป็นหลักของการวิจัยยังถูกเน้นให้รับผิดชอบหลักในด้านการเรียนการสอนและสังกัดอยู่กับภาควิชาและคณะ มหาวิทยาลัย ถึงแม้จะมีนโยบายหรือแนวคิดจะพัฒนาเป็นมหาวิทยาลัยวิจัย และผลิตผลงานวิจัยออกมาจำนวนมาก ก็ยังคงมีการกำหนดภาระงานขั้นต่ำของอาจารย์ที่กำหนดให้ทำหน้าที่สอนเป็นหลัก บางแห่งยังคงกำหนดให้สอนไม่ต่ำกว่า18 ภาระงาน (หรือครึ่งหนึ่งของเวลา) ในขณะที่กำหนดภาระงานวิจัยขั้นต่ำ เป็นเพียงส่วนเสริม ระบุไว้เพียงประมาณ 4– 5 ภาระงานเท่านั้น งานวิจัยยังคงหนีไม่พ้นรูปแบบเดิมในยุคกำเนิดมหาวิทยาลัยที่ว่า งานวิจัยเป็นความสนใจเฉพาะบุคคลและไม่ว่าจะสนใจมากหรือมีศักยภาพมากเท่าใดก็ตาม ก็ยังคงถูกกำหนดให้สอนเท่า ๆ กับอาจารย์ทั่วไปที่อาจไม่สนใจวิจัย ปัญหายังเกิดขึ้นอีกกับสถานภาพของนักวิจัยที่ถูกตีค่าต่ำกว่าการเป็นอาจารย์ ทั้งค่าตอบแทน แรงจูงใจ รวมไปถึงสิทธิประโยชน์ต่าง ๆ ทำให้ค่านิยมที่จะเป็นนักวิจัยน้อยมาก กลุ่มนักวิจัยที่มีฝีมือจึงผันตัวเองเข้าสู่สายอาจารย์เสียมาก การบริหารจัดการสถาบันวิจัยและคณะ/ภาควิชา ในมหาวิทยาลัย ก็ดำเนินการแบบแยกส่วนขาดการเชื่อมโยงสัมพันธ์กัน ไม่เอื้อประโยชน์ซึ่งกันและกันสถาบันวิจัยส่วนมากก็ถูกกำหนดให้บริหารจัดการให้สามารถดูแลตัวสถาบันเองได้ในระดับหนึ่ง ทำให้กลายสภาพไปรับจ้างเป็นที่ปรึกษา ทำงานบริการวิชาการ มากกว่าทำงานวิจัย ดังปรากฏในหลายสถาบันสถาบันวิจัยจึงมักมีผลงานตามศักยภาพและความสามารถของผู้บริหาร
สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นหน่วยงานหลักในการให้ความสนับสนุน ส่งเสริม ติดต่อประสานงานกับคณาจารย์ และนักวิจัยของคณะ วิทยาเขตวิทยาลัยสงฆ์ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยซึ่งอยู่ในส่วนกลาง และส่วนภูมิภาคต่าง ๆเพื่อให้การติดต่อประสานงาน กับคณาจารย์ นักวิจัยมีความรวดเร็ว คล่องแคล่ว เป็นไปอย่างมีระบบมีประสิทธิภาพเกิดประสิทธิผลในการส่งเสริม การพัฒนางานวิจัย และนักวิจัย ตลอดจนเจ้าหน้าที่ ในพันธกิจด้านการวิจัยและพัฒนาคุณภาพงานวิชาการด้านพระพุทธศาสนา ประยุกต์กับศาสตร์ต่าง ๆซึ่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยในปัจจุบัน มีส่วนงาน วิทยาเขต วิทยาลัยสงฆ์ครอบคลุมกระจายอยู่ตามภูมิภาคทั่วประเทศ ดังนั้น สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์จึงเห็นควรให้มีการบริหารจัดการการส่งเสริมและพัฒนานักวิจัยในส่วนภูมิภาค โดยการจัดตั้งศูนย์วิจัยพุทธศาสตร์ส่วนภูมิภาค ในรูปแบบของ ศูนย์วิจัยพุทธศาสตร์และพัฒนา ของวิทยาเขต วิทยาลัยสงฆ์ นั้น ๆ และให้อยู่ในกำกับดูแลของสถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ เพื่อให้การดำเนินงานด้านการวิจัยในแต่ละแห่งมีความคล่องตัวในการบริหารจัดการเป็นไปในทิศทางเดียวกันกับสถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ และเชื่อมโยงกับเครือข่ายต่างๆ อีกทั้งยังสามารถถ่ายทอดองค์ความรู้ด้านการบริการวิชาการงานวิจัยทางพุทธศาสนาสู่สังคมได้อย่างมีประสิทธิภาพ
แนวทางการดำเนินการของหน่วยวิจัย/สถาบันวิจัยประจำส่วนงาน
งานวิจัยเรื่อง “ยุทธศาสตร์การสร้างศูนย์วิจัยต้นแบบของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย” มีวัตถุประสงค์

ผลการวิจัย พบว่า

องค์ความรู้จากงานวิจัย
ยุทธศาสตร์การสร้างศูนย์วิจัยต้นแบบของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยมีหลายด้านที่สำคัญที่มีผลต่อความสำเร็จของศูนย์ ดังนี้ วัตถุประสงค์และวิสัยทัศน์ การกำหนดวัตถุประสงค์ที่ชัดเจนและวิสัยทัศน์ที่ชัดเจนช่วยให้ทุกคนในศูนย์มีทิศทางการทำงานที่เข้าใจและไปในทิศทางเดียวกันกำหนดแผนกลยุทธ์การวิจัยและพัฒนาการกำหนดแผนกลยุทธ์ที่เชื่อมโยงกับวัตถุประสงค์ของศูนย์โดยให้ความสำคัญกับการสร้างนวัตกรรมและความร ่วมมือกับภาคเอกชนและภาครัฐรวมทั้งภาคีเครือข่าย การพัฒนาความร่วมมือกับภาคธุรกิจ รัฐบาล และองค์กรอื่น ๆ เพื่อให้ศูนย์ได้รับการสนับสนุนและทรัพยากรที่จำเป็น การจัดทำแผนการสื่อสารการสร้างแผนที่เป็นประสิทธิภาพเพื่อเพิ่มความรู้และความตระหนักรู้ในท้องถิ่นและนอกท้องถิ่นการพัฒนาทรัพยากรบุคคล การสร้างแผนการบริหารทรัพยากรบุคคลที่สามารถดูแลและส่งเสริมนักวิจัยและบุคลากรทางวิจัยการวัดและประเมินผล ติดตามและวัดผลการดำเนินงาน เพื่อทราบว่าศูนย์วิจัยต้นแบบได้ทำงานตามวัตถุประสงค์และแผนกลยุทธ์หรือไม่ และใช้ข้อมูลเหล่านี้ในการปรับปรุง การจัดทำงบประมาณ การวางแผนงบประมาณที่เหมาะสมเพื่อสนับสนุนกิจกรรมวิจัยและพัฒนา การเผยแพร่ ผลงาน การสร้างแผนการเผยแพร่ผลงานวิจัยเพื่อส่งเสริมความรู้และเสริมสร้างชื่อเสียงในวงกว้าง การผนวกรวมและดำเนินการในทุกด้านเหล่านี้จะช่วยให้ศูนย์วิจัยต้นแบบของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยมีความสำเร็จในการสร้างนวัตกรรมและส่งเสริมการพัฒนาท้องถิ่นและชุมชนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีโดยอาศัยหลักการแนวคิดตามหลักพุทธธรรมไปบูรณาการเพื่อก่อให้เกิดประโยชน์สูงสุด
